Откройте ваше первое изображение. Выделите все (CTRL+A) и скопируйте (CTRL+C). 
Откройте ваше второе изображение. 
Перейдите в режим
Быстрая маска (Quick Mask)-(Q) 
и примените к изображению градиент (от черного к белому цвету). Белый цвет будет прозрачным, а черный будет отображаться переходом красного цвета. Более красная область будет менее прозрачна для другого изображения. 
Перейдите обратно в нормальный режим. Вы увидите пунктирный прямоугольник - это и есть область с переменной прозрачностью (от 100% до 50%). 
Теперь вставьте первое изображение в данную область: Редактирование -
Вставить в (Edit>Paste into) - (Shift+Ctrl+V). 

|